Theo đó, Nghị định này sửa đổi, bổ sung 04 Nghị định về thuế, bao gồm:

- Nghị định 209/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng.

- Nghị định 108/2015/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt sửa đổi.

- Nghị định 83/2013/NĐ-CP hướng dẫn Luật quản lý thuế và Luật quản lý thuế sửa đổi.

- Nghị định 129/2013/NĐ-CP quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế.

Nghị định 100/2016/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày 01/7/2016 (Đối với Khoản 2 Điều 3 của Nghị định 100 có hiệu lực từ ngày 01/9/2016).